跨学科硕士论文不端检测挑战的原因主要包括：1.学科交叉导致专业性不强，难以准确定义学术不端行为；2.不同学科对学术规范理解不同，难以统一评判标准；3.检测工具无法覆盖所有学科领域，存在漏洞和盲区；4.学科交叉造成检测难度增加，挑战性提高。

跨学科硕士论文不端检测挑战还包括：1.学术不端行为形式多样，难以全面检测；2.学术规范标准不断更新，检测方法需要不断改进；3.学科交叉导致检测困难，需要跨学科合作解决；4.学术不端行为隐蔽性增加，检测难度提高。