在使用硕士论文查重软件时，首先要选择正规、权威的软件，避免使用免费或未知来源的软件，以免造成论文泄漏或被他人利用。其次，在上传论文前，要做好备份工作，确保论文内容完整无误。此外，在查重过程中，要注意避免重复提交同一篇论文，以免被查重软件识别为抄袭。另外，及时更新查重软件版本也是保证查重效果的重要措施。

除了选择正规的查重软件外，硕士论文作者在使用查重软件时还应注意保护个人隐私信息，避免将论文内容泄露给他人。在上传论文时，可以选择匿名上传或去除个人信息等方式保护隐私。此外，要注意查重软件的使用方法，避免操作失误导致结果不准确。在查重完成后，及时保存查重报告，并对查重结果进行分析和处理，及时修改论文中存在的问题，提高论文质量。